Julien ALLALI
Julien Allali Maître de Conférences (ENSEIRB)

Équipe LaBRI : Modèles et Algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation
Fonction administrative : Resp. Projets Finalité Entreprise Dépt Info ENSEIRB
Page personnelle : http://www.labri.fr/perso/allali
Courrier électronique : julien.allaliarobaselabri.fr
Bureau : 368
Tél : +33 (0)5 40 00 28 77


Recherche

Maitre de conférence au LaBRI depuis septembre 2006, je suis dans l'équipe MaBioVis, thème "analyses de structures biologiques". Mes thèmes de recherches sont l'algorithmique des séquences et des arbres (comparaison, alignement, indexation) appliquée à l'étude des ARN, de données génomiques (ADN) et de la musique.

Au cours de l'année 2009/2010, j'étais en délégation CNRS au PIMS/Simon Fraser University à Vancouver pour collaborer avec le professeur Cédric Chauve sur des méthodes efficaces pour la fouille de bases de données d'ARN à partir d'une structure requête.

Extrait de publications


Julien Allali, Cédric Chauve, Pascal Ferraro, Anne-Laure Gaillard. Efficient chaining of seeds in ordered trees. 21st International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jul 2010, London, United Kingdom. 2010.

Julien Allali, Pascal Ferraro, Pierre Hanna, C.S. Iliopoulos, Matthias Robine. Toward a general framework for polyphonic comparison. Fundamenta Informaticae, Polskie Towarzystwo Matematyczne, 2009, 97 (3), pp.331--346.

Julien Allali, Marie-France Sagot. A multiple layer model to compare RNA secondary structures. Software: Practice and Experience, Wiley, 2008, 38 (8), pp.775-792.

Julien Allali, Pascal Ferraro, Pierre Hanna, Costas Iliopoulos. Local Transpositions in Alignment of Polyphonic Musical Sequences. Proceedings of the 14th String Processing and Information Retrieval Symposium (SPIRE07), 2007, Chile. pp.26-38, 2007.

Julien Allali, Marie-France Sagot. A new distance for high level RNA secondary structure comparison. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2005, 2, pp.3--14.


Responsabilité pédagogique

Responsable des "Projets à Finalité Entreprise" du département informatique de l'ENSEIRB pour l'année 2008/2009, 20h Eq. TD
Responsable de l'UE programmation C++, 10h eq. TD, 2006-2009
Responsable de l'UE programmation système, 14h eq. TD, 2007-2009
Responsable de l'UE projet système et réseau,27h eq. TD , 2008-2009

Valorisation

2006-2009: Algorithms for music analysis, Royal Society UK-France collaborative grant, Coordinateur local, 12 000 livres

Expertise

Évaluation d'articles pour les revues London Algorithmics 2008 : Theory and practice, TCBB (2006), TCS (2006) et les conférences STACS (2007), RECOMB (2007, 2008).

Page mise à jour le 13/08/2010 à 10:56