Elisabeth BON
Elisabeth Bon Maître de Conférences (Université Bordeaux 2)

Équipe LaBRI : Modèles et Algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation
Fonction administrative : Membre du Comité Technique, du CHSCT central et du CHSCT de Carreire
Page personnelle : http://www.labri.fr/equipes/MABioVis/MABioVis.php
Courrier électronique : elisabeth.bonarobaselabri.fr
Bureau : 280
Tél : +33 (0)5 40 00 36 56


Recherche

De formation initiale en Biologie et Physiologie Marine, mes activités de recherche se sont développées depuis maintenant 15 ans autours de la biologie computationnelle et la modélisation du vivant, notamment la fouille de données n-aires en génomique exploratoire et comparative d'abord sur modèles eucaryotes (levures) puis sur modèles procaryotes (bactéries du vin).
Cette expertise pluri-disciplinaire allant de l'in vivo à l'in silico s'est naturellement intégrée aux axes scientifiques portés par le LaBRI en "Génomique Comparative, Modélisation & Analyse des Données Biologiques". C'est donc en tant que Biologiste Computationnelle que depuis 2006 je contribue aux activités de recherche de l'équipe MABIOVIS, équipe qui présente la particularité d'interfacer les approches informatiques et biologiques par le biais de projets transversaux.

TRAVAUX SCIENTIFIQUES MENÉS
Les projets de recherche en fouille de données OMIQUES s'inscrivent autours de la compréhension de la structure, de la fonction et de l'histoire évolutive des gènes et des génomes chez les procaryotes, en particulier les bactéries lactiques du genre Oenococcus, des microorganismes à génome compact (moins de 2 Mb) qui sont associés à des niches écologiques étroites et extrêmes tels que le vin. Ces espèces présentent un intérêt biotechnologique(oenologie) et phylogénétique (position atypique, espèce à évolution rapide).
Le séquençage haut-débit, le décryptage et la comparaison des génomes et transcriptomes de souches se distinguant soit par leur efficacité œnologique soit par leur position phylogénétique au sein de l'espèce sont en cours.
L'objectif principal de ces recherches est de formaliser les relations entre génotype et phénotype et de fournir, aux équipes de microbiologistes avec qui nous collaborons, des pistes ou des scenarii génomiques à explorer leur permettant de mieux comprendre les conséquences des variations du matériel génétique en termes d'expression génique et d'efficacité œnologique. Une partie de mes travaux est également consacrée à l'étude des mécanismes d'évolution des génomes dans un contexte de diversité génétique propre à l'espèce (population complexe) et d'optimisation génomique dédiée à l'adaptation à une niche écologique hostile.

PROJETS FOUILLE de DONNÉES / Omiques Exploratoires & Comparées
¤ 1998-2003: Génolevures (National, GDR)- Génomique des Eucaryotes (levures) | INRA Versailles-Grignon.
¤ 2000-2003: CYGD-Comprehensive Yeast Genome Database (Européen)- Génomique des Eucaryotes (levures), Evolution & Modélisation Architecture Exon/Introns des gènes nucléaires | INRA Versailles-Grignon & MIPS (Munich)
¤ Depuis 2003: OENIKITA (Collaboratif)- Séquençage, Assemblage & Génomique n-aires des Procaryotes (bactéries du vin) | Univ. Bordeaux (UB2) - LaBRI / ISVV.
¤ 2008-2012: ANR DIVOENI (National)- Biodiversité, Transcriptomique comparée et Modélisation expression génique (bactéries du vin) | Univ. Bordeaux (UB2)- LaBRI / ISVV.
¤ 2011-2012: SAGESSE (Régional) - Séquençage et Analyse des Génomes pour la Sélection des Starters Oenologiques (levures, bactéries) | LaBRI-INRIA / ISVV /SARCO-Laffort
¤ Depuis 2010: PSEUDOE (Collaboratif) - Décodage du langage caché des génomes procaryotes / Reconstitution de l'histoire évolutive des pseudogènes (mots imparfaits) & Modélisation de la plasticité génique (mots parfaits/imparfaits) chez les Bactéries du vin | Univ. Bordeaux (UB2) - LaBRI / ISVV / Collaborations internationales.

PROJETS BIOLOGIE & PHYSIO CELLULAIRES
¤ 1991-1996: SALMONA (CIFRE, Collaboratif), Biologie/Physiologie Marine | Univ. Bordeaux (UB1) / Industriel / INRA de Rennes & St Pée s/ Nivelle.
¤ 1997-1998: RVS/Amphiphysins (Collaboratif), Biologie Cellulaire de la Levure | CNRS de Bordeaux, Institut de Biochimie et Génétique Cellulaire.

COLLABORATIONS SCIENTIFIQUES
¤ Locales: Membre (associé 2008, permanent 2009-2012) EPC INRIA MAGNOME: Models and Algorithms for the Genome (STIC pour les sciences de la vie et de l'environnement/ Biologie numérique & Bioinformatique).
¤ Régionales: ISVV-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin de Bordeaux, CBiB-Centre de Bioinformatique de Bordeaux
¤ Nationales: INRA de Rennes, Université Bourgogne
¤ Internationales: Canada (Univ. Simon Fraser, Vancouver), Royaume-Uni (Univ. Cambridge, King's College London)

Encadrement

¤ 2010-2012: GOULIELMAKIS Aurélie, Ingénieur, 21 mois, ANR /Université Bordeaux 1. Projet DIVOENI - Biodiversité, Pan-Transcriptome et Modélisation expression génique (Data mining: Génomes bactéries du vin). Recrutée, startup biotechnologique Microflora (Bordeaux)
¤ 2010-11: BOURGEADE Laetitia, Master M2 Bioinformatique,6 mois, Univ. Bordeaux 1/Bordeaux Segalen, major de promotion. Projet PSEUDOE: Reconstitution in silico de l'histoire évolutive des pseudogènes chez les bactéries lactiques du genre Oenococcus (Data mining).
¤ 2011-2014: BOURGEADE Laetitia, Doctorante MENRT & contrat enseignement, 3 ans, Université Bordeaux I, co-directeurs : J. Allali (40%), E. Bon (40%) et P. Ferraro (20%). Projets ARN - PSEUDOE "Filtre sur les arborescences modélisant les ARN & Plasticité génique" (Data Mining, Graphes & Algorithmes, Génomes & Modélisation)

Extrait de publications


Fatima El Gharniti, Marguerite Dols-Lafargue, Elisabeth Bon, Olivier Claisse, Cécile Miot-Sertier, et al.. IS30 elements are mediators of genetic diversity in Oenococcus oeni.. International Journal of Food Microbiology, Elsevier, 2012, 158 (1), pp.14-22.

Laetitia Bourgeade, Tiphaine Martin, Elisabeth Bon. PSEUDOE: A computational method to detect Psi-genes and explore PSEUDome dynamics in wine bacteria from the Oenococcus genus.. François Cost, Denis Tagu. JOBIM2012- 13ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. SFBI, INRIA, pp.435-436, 2012.

Laetitia Bourgeade, Tiphaine Martin, Aurélie Goulielmakis, Aline Lonvaud-Funel, Patrick Lucas, et al.. Cracking the Pseudome Code: Inside the "silent" Psi-genes language to reconstruct Oenococcus oeni evolutionary adaptation to wine. UR CALITYSS - VetAgroSup. 18th CBL-Club des Bactéries Lactiques Meeting, May 2012, Clermont-Ferrand, France. page 82, 2012.

Aurélie Goulielmakis, Julen Bridier, Aurélien Barré, Olivier Claisse, David Sherman, et al.. How does Oenococcus oeni adapt to its environment? A pangenomic oligonucleotide microarray for analysis O. oeni gene expression under wine shock.. Univ. Bordeaux Segalen (P. Darriet, L. Geny, P. Lucas, A. Lonvaud, G. de Revel, P.L. Teissedre). Oeno2011- 9e symposium international d'oenologie de Bordeaux: Actes de colloques du 9e symposium international d'oenologie de Bordeaux, Jun 2011, Bordeaux, France. Dunod, Paris, pp.358-363, 2012.

F. El Gharniti, Cécile Miot-Sertier, Marguerite Dols-Lafargue, Elisabeth Bon, Aline Lonvaud-Funel, et al.. Les IS30 contribuent à la diversité génétique chez les Oenococcus oeni.. 17ème Colloque International du Club des Bactéries Lactiques, Oct 2010, Nancy, France. In press, 2010.


Responsabilité pédagogique

INFORMATIQUE-BIOINFORMATIQUE (102H00 éq. ED annuels)
¤ 2003-2010 : Master Recherche Biologie Santé (M1S7, UB1-UB2), "Ressources Informatiques: Méthodes et Outils pour l'Analyse des Séquences Biologiques" (6 ECTS).
¤ 2004 : Licence Biologie Santé (L3S6, UB2), "Informatique, Programmation & Bases de Données" (3 ECTS).
¤ Depuis 2011: Master Recherche Biologie Santé (M1S7, UB1-UB2), AEB: Approches Expérimentales en Biologie, Informatique (3 ECTS).
¤ Depuis 2011: Licence Biologie-Santé (L3S6, UB2), GB: Génomique & Bioinformatique(3 ECTS).

TIC/TICE: TECHNOLOGIES de l'INFORMATION et de la COMMUNICATION (109H00 éq. ED annuels)
¤ Depuis 2005 : Licence Biologie Santé (L1S1/L1S2 , UB2), "Introduction à l'Informatique, aux Ressources Numériques de Travail et au C2i-Certificat Informatique & Internet" (3 ECTS)
¤ Depuis 2006 : Licence Biologie Santé (UB2, L2S3/L3S5), "Approfondissement Certificat Informatique et Internet"(3 ECTS)
¤ 2011 : Licence MISMI Mathématiques, Informatique, Sciences de la Matière & Ingénieries (L1S1, UB1), "Certificat Informatique et Internet" (3 ECTS)
¤ 2011 : Licence TECSAN Sciences & Technologie de la Santé (L2S3, UB2), "Certificat Informatique et Internet" (3 ECTS)
¤ Depuis 2011 : Odontologie (L2S3, UB2), "Informatique"(3 ECTS)

RESPONSABILITÉS PÉDAGOGIQUES
¤ Depuis 2005 : Responsable développement TIC-TICE Numérique / C2i-Niveau 1 (UFR SDV, UB2).
¤ Depuis 2006: Responsable UE Approndissement Informatique & Internet (L1-L2-L3, UFR SDV, UB2).
¤ 2007-2010 : Co-responsable UE "Ressources Informatiques: Méthodes et Outils pour l'Analyse des Séquences Biologiques" (M1S7, UFR SDV, UB2).

COMMISSIONS & JURYS PÉDAGOGIQUES
¤ 2004-2006 : Membre Commission de Pilotage " Aqui-C2i, Mise en place du C2i en Aquitaine" (Pôle universitaire de Bordeaux / UNR ACO- Aquitaine Campus Ouvert).
¤ 2005-2006: Membre "Comité Orientation TIC-Technologies d'Information & de Communication" (UB2).
¤ Depuis 2005: Membre du Jury (UB2) de Certification du C2i-Certificat Informatique & Internet.
¤ 2005-2007 : Présidente Commission (UB2) de Pilotage et de Certification du C2i.
¤ 2008-2009 : Coordinatrice pédagogique UFR-SDV (UB2) Commissions Bioinformatique & C2i (Co-habilitation Licence UB1-UB2).
¤ 2012-2013: Présidence du Jury (UB2) de Certification du C2i niveau 1 (2600 étudiants).
¤ Depuis 2014: Membre Groupe de Travail " C2i1: Pilotage, Harmonisation Formation-Evaluation" (UB)
¤ Depuis 2015: Vice-Présidente Jury C2i(UB: Collège Santé)

ENCADREMENT PÉDAGOGIQUE
¤ 2005-2007 : Tutorat C2i, 7 étudiants, niveau Master M1 (UB2).
¤ 2008-2010 : ATERs C2i, 4 étudiants, niveau Doctorat (UB2).

Administration

Instances Universitaires de Représentation & Dialogue social
¤ 2008-2014: Membre " Comité Technique" (UB2), Membre "Comité Technique Conjoint"(UB).
¤ Depuis 2015: Membre "Comité Technique Central"(UB).

Instances Universitaires Santé & Sécurité au Travail / CHSCTs
¤ 2011-2014: Membre Titulaire CHSCTs (UB2, UB)
¤ Depuis 2014: Membre Groupes de Travail "Protocoles d'Urgence" & "Règlement Intérieur" (UB)
¤ Depuis 2015: Membre Titulaire CHSCT Central (UB), CHSCT Local: Bordeaux-Carreire(UB)

Instances Universitaires d'Action Sociale
¤ Depuis 2014: Membre "SUAS-Service Universitaire d'Action Sociale" (Collège Santé)

Comité de programme & Comité d'organisation

¤ 2006: Membre Comité organisation "JOBIM-Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques", 5-7 Juillet 2006, Bordeaux.

Valorisation

¤ 2008-2011: DIVOENI "Biodiversité intra spécifique chez Oenococcus oeni, une bactérie lactique du vin", ANR-07-BDIV-011, Coordinateur local (E. BON, LaBRI), National (Pr A. LONVAUD-FUNEL, UB2), 96.72 kE.

Expertise

¤ 2005-2006 : Membre Jury d'Évaluation Projets Master 2 Bioinformatique (UB1-UB2). LaBRI, Talence.
¤ 2009: Membre Comité de Sélection enseignants-chercheurs (Bioinformatique, Génomique), Université Louis Pasteur, Strasbourg.
¤ 2013: Membre Jury d'Évaluation Projets Master 1 Bioinformatique (UB1-UB2). LaBRI, Talence.


Page mise à jour le 13/08/2010 à 10:56