Pascal FERRARO
Pascal Ferraro Maître de Conférences (Université Bordeaux 1)

Équipe LaBRI : Modèles et Algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation
Fonction administrative :
Page personnelle : http://www.labri.fr/~ferraro
Courrier électronique : pascal.ferraroarobaselabri.fr
Bureau : 375
Tél : +33 (0)5 40 00 35 07


Recherche

Depuis Septembre 2002, je suis Maître de Conférences au sein du Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) dans l'équipe Modèles et Algorithmes pour la BioInformatique et la Visualisation (MaBioVis).

Cette équipe est composée de biologistes et d'informaticiens qui développent des méthodes pour la modélisation en biologie. Je m'intéresse plus particulièrement à la conception de méthodes génériques pour la mesure et l'analyse d'objets biologiques à différentes échelles, de l'architecture des plantes aux structures secondaires d'ARN. Au cours des 10 dernières années, en collaboration avec l'équipe INRIA Virtual Plants de Montpellier et le groupe de recherche Biological Modeling and Visualization du département d'informatique de l'Université de Calgary au Canada, j'ai développé différents outils conceptuels et algorithmiques.
Ceux-ci ont été implémentés dans deux suites logicielles destinées à la simulation (The Virtual Laboratory - Vlab) et pour la modélisation et l'analyse des plantes (OpenAlea).

Mes travaux en modélisation des plantes ont permis, entre autres, de proposer différentes méthodes de comparaison des plantes (thèse d'Aida Ouangraoua et collaboration avec l'INRA Montpellier) ou de définir différentes méthodes de compression et d'analyse des propriétés fractales des plantes (thèse d'Anne-Laure Gaillard).

Dans le même temps, je m'intéresse à la généralisation des méthodes mathématiques développées dans le cadre de l'architecture des plantes à d'autres données biologiques. Je concentre plus particulièrement ma recherche sur l'analyse de Structures Secondaires d'ARN. En effet, alors qu'il a été établi depuis longtemps que la comparaison de telles molécules était importante en biologie, il n'existe aujourd'hui que peut d'outils permettant de comparer des molécules d'ARN. J'ai développé une nouvelle représentation multi-échelles (thèse d'Aida Ouangraoua) et les méthodes de comparaison correspondantes.

Finalement, depuis 2005, en collaboration avec deux autres jeunes chercheurs, Julien Allali et Pierre Hanna, nous avons débuté un projet pour évaluer la similarité entre différents morceaux de musique. Bien que ce type d'applications semble éloigné de la bioinformatique, les techniques mises en oeuvre sont en réalité très similaires. Dans ce projet, financé par l'ANR jeunes chercheurs Simbals, nous adaptons les différentes méthodes d'analyse de structures arborescentes à l'analyse de musiques symboliques et nous développons de nouvelles approches.

Encadrement

- Ouangraoua, Aida, 3 ans, 2008, doctorant MENRT, Université Bordeaux 1, co-encadrée (90%) avec Serge Dulucq, CR2 INRIA depuis
2009.
- Gaillard, Anne-Laure, 3 ans, 2011, doctorant MENRT, Université Bordeaux 1, (100%), en cours
- Martin, Benjamin, 3 ans, 2012, doctorant MENRT, Université Bordeaux 1, co-encadrée (50%) avec Pierre Hanna, en cours

Extrait de publications









Responsabilité pédagogique

- Responsable de la Spécialité BioInformatique du Master d'Informatique de Bordeaux, 2003-2007
- Responsable de l'UE Architecture des Ordinateurs, License, semestre 4, 30h Eq TD, 2008
- Responsable de l'UE Statistiques et Probabilités, master, semestre 1, 30h Eq TD, 2002-2008

Administration

- Responsable du site Web du LaBRI, depuis 2005
- Membre du comité Scientifique du LaBRI, depuis 2008
- Responsable du thème "Analyse de Structures Biologiques" de l'équipe MaBioVis, depuis 2008

Comité de programme & Comité d'organisation

- Membre du Comité de Programme de JOBIM 2008, Lille
- 2ème Prix Query-by-Humming, MIREX Contest (Music Information Retrieval eXchange), 2006
- 1er Prix Query-by-Humming, MIREX Contest (Music Information Retrieval eXchange), 2007

Diffusion

- Membre du Comité d'Organisation de JOBIM 2006, Bordeaux
- Membre du Comité d'Organisation de FSPM 2004, Montpellier

Valorisation

- Coordinateur Local ACI Arborescences, 2004-2007, 12kE
- Coordinateur local ANR Brasero, 2006-2009, 69kE
- Membre de l'ANR Simbals, 2007-2010, 118kE
- Responsable national PEPS Autosimilarité de la Musique, 2008, 10kE

Expertise

Evaluateur d'articles pour:
- journaux internationaux (New Phytologists, Journal of Theoretical Biology, Pattern Recognition Letters),
- conférences internationales (STACS and FSPM)
- conférences Nationales (JOBIM).


Page mise à jour le 13/08/2010 à 10:56