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Tiphaine MARTIN
Ingénieur de Recherches (CNRS)
Équipe LaBRI : Modèles et Algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation
Équipe projet commune INRIA-LaBRI : MAGNOME Fonction administrative : chef d'exploitation plateforme Génolevures Courrier électronique : tiphaine.martin labri.fr
Bureau : 354
Tél : +33 (0)5 40 00 35 18
Recherche
Je maintiens l'infrastructure informatique développée au LaBRI pour soutenir les recherches en génomique d'un réseau
international de laboratoires partenaires (GDR CNRS Génolevures). De plus, je suis coordinatrice GRISBI (Grille pour la
bioinformatique) pour RENABI-Sud Ouest.
Mes activités sont autour de la création et la valorisation des ressources produites par les membres internationaux du Consortium
Génolevures à travers le déploiement de sites public et privé, et la mise à disposition de logiciels, de moyens de calcul et d'outils
de recherche pour la communauté et pour la collaboration. La base de données Génolevures (12 génomes complets, 9 génomes
mitochondriaux et 7 génomes partiels) est librement accessible. La base de données Génolevures est consultée au niveau
international (environ 130 pays). Pour accompagner les annotateurs dans un travail collaboratif, le logiciel MAGUS a été développé
en 2006 et est mis à jour régulièrement afin d'améliorer et/ou d'apporter de nouveaux outils ou données d'aide à la décision dans
l'annotation.
Au sein du projet GRISBI, mes activités s'orientent vers le développement du calcul distribué dans la bioinformatique. Je suis en
étroite relation avec les acteurs locaux pluri-displinaires (MCIA, PLAFRIM, GRID'5000) et nationaux (France-Grilles, RENABI).
Mes principales activités accomplies concernent :
. l'ingénierie informatique : conception et développement de bases de données et de logiciels et dans la gestion de sites public et
privé
. le développement méthodologique : conception et développement de méthodes in silico pour l'analyse des données biologiques.
. la bioanalyse : participation à des travaux d'analyse des données biologiques.
. l'administration système de l'infrastructure Génolevures (serveurs redondants et une capacité de stockage 15To) et d'une
plateforme expérimentale de calcul intensif (96 coeurs) pour l'activité de recherche et d'un noeud de grille EGI (GRISBI).
. l'accompagnement et la formation de chercheurs dans la réalisation d'étude spécifique
. la communication et la diffusion de résultats à l'international et en France
Je me déplace dans les différents laboratoires partenaires dans le cadre des collaborations liées au GDR Génolevures. EncadrementSavel, Guihlem, depuis 2009, IE CNRS, co-encadré (15%) avec Pascal Ung, IR CNRS
Cayla, Cyril, 18 mois, 2007-2008, IR ANR Genarise, CNRS, co-encadré (75%) avec David Sherman, MCF ENSEIRB
Frey, Simon, 6 mois, 2007-2008, Ingénieur Jeune diplôme, INRIA, co-encadré (75%) avec David Sherman, MCF ENSEIRB
Extrait de publications
Maurier F., Groppi A., Barré A., Naquin D., Roult A., Gauthey C., Blanchet C., Martin T. Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS (New Generation Sequencing) - Rencontres Scientifiques France Grilles 2011 - (2011) .
Durrens P., Martin T., Sherman D. J. The Génolevures database - Comptes Rendus de l'Académie des Sciences, Série Biologies -
334 , 8-9(2011) , 585-589.
Enache-Angoulvant A., Guitard J., Grenouillet F., Martin T., Durrens P., Fairhead C., Hennequin C. Rapid Discrimination between Candida glabrata, Candida nivariensis, and Candida bracarensis by Use of a Singleplex PCR - Journal of Clinical Microbiology -
49 , 9(2011) , 3375-3379.
Sherman D. J., Martin T., Nikolski M., Cayla C., Souciet J. L., Durrens P. Genolevures: protein families and synteny among complete hemiascomycetous yeast proteomes and genomes. - Nucleic Acids Research - (2009) .
Souciet J. L., Dujon B., Gaillardin C., Johnston M., Baret P. V., Cliften P., Sherman D. J., Weissenbach J., Westhof E., Wincker P., Jubin C., Poulain J., Barbe V., Ségurens B., Artiguenave F., Anthouard V., Vacherie B., Val M. E., Fulton R. S., Minx P., Wilson R., Durrens P., Jean G., Marck C., Martin T., Nikolski M., Rolland T., Seret M. L., Casaregola S., Despons L., Fairhead C., Fischer G., Lafontaine I., Leh V., Lemaire M., De Montigny J., Neuveglise C., Thierry A., Blanc-Lenfle I., Bleykasten C., Diffels J., Fritsch E., Frangeul L., Goeffon A., Jauniaux N., Kachouri-Lafond R., Payen C., Potier S., Pribylova L., Ozanne C., Richard G. F., Sacerdot C., Straub M. L., Talla E. Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae. - Genome Researchearch -
19 (2009) , 1696-1709.
Autres productionsChef d'exploitation de l'infrastructure Génolevure : http://genolevures.org ou http://cbi.labri.fr/Genolevures/
Magus, logiciel d'annotation collaboratrive de génomes : http://magus.gforge.inria.fr
GRISBI, "Grille pour la bioinformatique" : http://www.grisbio.fr
Responsabilité pédagogique
2011: Responsable de groupe de 4 étudiants pour projet Bioinformatique Master 1 Universite de Bordeaux, 6h Eq TD
2011 : Tutoriel sur l'utilisation de la grille EGEE via GRISBI, 3x8h Eq TD
2010: Enseignante pour Ecole thématique CNRS " GRISBI – Calcul Scientifique sur Grille pour la Bioinformatique",
Depuis 2007: Tutoriel d'1 journée sur l'utilisation de MAGUS, au moins 3 fois par an
2006 : Membre du jury de master 2 bioinformatique, Université Bordeaux 2
2006 : Rapporteur de mémoires de master 2 bioinformatique, Université Bordeaux 2
Administration
Depuis 2010 : Membre de la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité (FRB), pour la partie "Ressources Génétiques"
Depuis 2009 : Membre du groupe de travail INRIA Bordeaux-Sudouest "Culture scientifique"
Depuis 2009 : Membre du comité Hygiène et Sécurité du centre INRIA Bordeaux Sud-Ouest
2009 : Responsable technique de l'assemblage des dossiers pour l'évaluation du laboratoire par AERES pour le laboratoire LaBRI.
Depuis 2008 : Membre du comité du centre INRIA Bordeaux Sud-Ouest à titre de participation dans une équipe jointe CNRS-INRIA
(représentante élue titulaire pour Jeunes Chercheurs et Personnel Scientifique d'accompagnement de la Recherche)
Depuis 2008 : Membre du comité de technique du projet GIS IBISA "GRISBI, Grille pour la bioinformatique"
Depuis 2007 : Membre de l'Institut des Grilles et participe au groupe de travail "Biologie-Santé" de l'Institut des Grilles
Depuis 2007 : Membre du comité de pilotage et technique du projet GIS IBISA "GRISBI, Grille pour la bioinformatique"
2007-2008 : Membre du comité de communication du LaBRI
Comité de programme & Comité d'organisation
2011 : Comité de programme et d'organisation pour les journées scientifiques et techniques de GRISBI, Lyon, France
2010: Comité scientifique et organisation pour Ecole thématique CNRS " GRISBI – Calcul Scientifique sur Grille pour la
Bioinformatique", Roscoff, France
2009: Membre du comité de programme de "Bioinformatique à grande échelle, Biograle 2009", Rennes, France
2009 : Membre du comité de programme du Kick-off GRISBI, Lyon, France
2008: Membre du comité de programme de "Bioinformatique à grande échelle, Biograle 2008", Lyon, France
2007 : Membre du comité d'organisation et de programme de "Démarche qualité au sein des plateformes de bioinformatique",
Bordeaux, France
2006 : Membre du comité d'organisation de "JOBIM Journées Ouvertes de Bio-informatique et Mathématiques", Bordeaux, France
Diffusion
24 Juin 2011: Présentation des travaux de l'équipe MAGNOME au sein la manifestation "Unithe ou café"
27 Septembre-1 octobre 2010 : Ecole théamatique CNRS, GRISBI – Calcul Scientifique sur Grille pour la Bioinformatique,
enseignante/comité d'organisation
Valorisation
2007-2011 : GRISBI "GRISBI, Grille pour la bioinformatique", GIS IBISA, Coordinatrice local
Expertise
2009 : Membre du jury de concours de recrutement IE INRA (3 profils), BAP E, Toulouse, France
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