David SHERMAN
David Sherman Directeur de Recherches (INRIA)

Équipe LaBRI : Modèles et Algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation
Équipe projet commune INRIA-LaBRI : MAGNOME
Fonction administrative : Resp. de l'EPI INRIA PLEIADE
Page personnelle : http://www.labri.fr/perso/david
Courrier électronique : david.shermanarobaselabri.fr
Bureau : 355
Tél : +33 (0)5 40 00 69 22


Recherche

Mes recherches se focalisent sur les algorithmes et modèles formels pour l'étude de systèmes complexes, conçu pour aider les biologistes à comprendre les relations entre génomes, éléments génétiques et les comportements des systèmes cellulaires résultants. Je mène cette activité depuis dix ans, en continuation naturelle de mes travaux d'origine en logique équationnelle et en méthodes formelles, et en collaboration étroite avec des collègues des sciences de la vie.

La rapidité du développement de la biologie computationnelle a poussé mon équipe à innover dans deux sujets très liés : les algorithmes pour la classification et l'optimisation dans des grandes espaces de recherche ; et la modélisation pour construire des descriptions rigoureuses de systèmes complexes et établir de propriétés formels de leurs comportements. Sur un plan pratique, les logiciels développés par mon équipe adressent des défis de génie de connaissances : intégration de données hétérogènes, exploration interactive de masses de données, interopérabilité de données et de logiciels. Pour ce dernier, des standards internationaux développés avec notre participation sont adoptés par des banques de données nationales et par l'industrie, ce qui témoigne à la fois l'échelle du problème et la pertinence de notre approche.

Encadrement

Adrien Goëffon - post-doctorat (2007-9).
Julie Bourbeillon - post-doctorat (2007-9).
Razanne Issa - Thèse de doctorat (soutenance 09/2013).
Natalia Golenetskaya - Thèse de doctorat (avec Pascal Durrens) (soutenance 09/2012).
Rodrigo Assar - Thèse de doctorat (soutenance 09/2011).
Nicolás Loira - Thèse de doctorat (soutenance 03/2011).
Hayssam Soueidan - Thèse de doctorat (avec Macha Nikolski) (soutenue 12/2009).
Emmanuelle Beyne - Thèse de doctorat (soutenue 01/2008).
Florian Iragne - Thèse de doctorat (soutenue 06/2007).

Extrait de publications


Nikolay Vyahhi, Adrien Goëffon, David James Sherman, Macha Nikolski. Swarming Along the Evolutionary Branches Sheds Light on Genome Rearrangement Scenarios. Franz Rothlauf. ACM SIGEVO Conference on Genetic and evolutionary computation, 2009, Montréal, Canada. ACM, 2009.

Géraldine Jean, David James Sherman, Macha Nikolski. Mining the semantics of genome super-blocks to infer ancestral architectures. Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2009, 16 (9), pp.1267-1284.

Jean-Luc Souciet, Bernard Dujon, Claude Gaillardin, Mark Johnston, Philippe V Baret, et al.. Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae.. Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2009, 19, pp.1696-1709.

David James Sherman, Tiphaine Martin, Macha Nikolski, Cyril Cayla, Jean-Luc Souciet, et al.. Genolevures: protein families and synteny among complete hemiascomycetous yeast proteomes and genomes.. Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C - Option B, 2009, pp.D550-D554.

Pascal Durrens, Macha Nikolski, David James Sherman. Fusion and fission of genes define a metric between fungal genomes.. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2008, 4 (10), pp.e1000200.


Administration

- Responsable dans plusieurs projets EU, ANR et financés par la Région Aquitaine
- Membre du Comité Consultatif Régional de Recherche et de Développement Technologique (CCRRDT) de la Région Aquitaine : Commission 3 "Sciences biologiques, médicales et de la santé”
- Membre du Comité de Projets de l'INRIA Bordeaux Sud-Ouest

Comité de programme & Comité d'organisation

Comités de programme de JOBIM 2005 & 2006, du Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007,
du congrès de la Soc. Francophone de Classification 2005.
Expert invité au SGD Advisory Board (Stanford University/NIH-National Institutes Health) 2004.
Rapporteur pour les revues Genetics, Bioinformatics, BMC Bioinformatics, PLoS One, Nucleic Acids Research, et Yeast.

Valorisation

EU 6ème PCRD : ProteomeBinders 2006-10, YSBN 2005-9.
ANR blanc GENARISE 2005-9.
Région Aquitaine : Génotypage et Génomique comparée 2002-5, Pôle Rech. Info 2005-8.
ACI Génolevures En Ligne 2003-2006.
EU 5ème PCRD : TEMBLOR 2002-5.


Page mise à jour le 13/08/2010 à 10:56