Université de Bordeaux
Formation doctorale en Informatique


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Propositions de sujets de thèse
Année 2015

Cette liste est mise à jour à chaque arrivée d'une nouvelle proposition. Cette page doit donc être régulièrement consultée.

Date limite pour candidater sur les allocations ministérielles: mi juin 2015.

Les sujets surlignés en jaune ne sont pas attribués mais ont un financement garanti. Les directeurs/directrices de thèse recherchent un/une candidat(e) pour une thèse débutant en septembre 2015.

A LIRE, avant de déposer un dossier et, donc, de faire une thèse.

Comment candidater ?

Contacter le directeur/directrice de thèse pour obtenir son soutien. Communiquer votre CV détaillé, vos notes, une lettre de motivation. Une lettre de soutien à votre candidature du directeur/directrice est indispensable pour être admis dans la formation doctorale en Informatique.

Sur le site de l'école doctorale MI, vous trouverez toutes les informations pour constituer votre dossier d'admission.

Les dossiers sont à envoyer à : Luce Chiodelli, LaBRI, Université de Bordeaux, 351 Cours de la Libération, 33405 Talence

Financements

Les allocations ministérielles (MESR) sont principalement de deux types :

  • blancs ("au mérite") : après l'accord du directeur/directrice de thèse pour travailler sur un sujet précis, les étudiants sont classés en fonction de leur résultat au master. Les meilleurs étudiants sont donc financés pour travailler sur le sujet de leur choix. La décision final est prise fin juin.
  • fléchés : le financement de ces thèses est décidé en mars. Ces sujets ont une garantie de financement, si un ou une candidate de qualité postule (et qu'elle/il est soutenu(e) par le directeur de la thèse).

Les modalités de candidature à une allocation de recherche ministérielle sont sur le site de l'école doctorale Rubrique Admission.

Il existe d'autre types de financement (université, CNRS, INRIA, Région, CIFRE, ANR, DGA, ...) qui ne sont pas toutes connues à la même date.

N'hésiter donc pas à candidater sur le sujet qui vous intéresse.

Il est possible de postuler sur 2 sujets de thèses mais en indiquant la priorité entre les deux sujets.

Équipe Combinatoire et algorithmique
  • Graphes infinis et programmation mathématique (attribué)
    • Equipes: Combinatoire et Algorithmique (LaBRI) / Théorie des Nombres (IMB)
    • Directeurs: Arnaud Pêcher (LaBRI), Christine Bachoc (IMB)
    • Mots-clés: graphes infinis, nombre chromatique, programmation mathématique, programmation semi-définie positive
    • Résumé: Les graphes infinis stimulent des axes de recherche très variés, de la théorie extrémale des graphes jusqu'à celle récente des limites de graphes ou graphons. L'objet de cette thèse est d'étudier un certain nombre de sujets "classiques" de théorie des graphes dans le contexte des graphes infinis dénombrables ou non, dont en particulier le nombre chromatique du graphe distance unité de l'espace Euclidien. Dans ce contexte, les dernières avancées en programmation mathématique, dont la programmation semi-définie positive, constitueront une direction de recherche privilégiée.
    • Sujet (pdf)
  • Colorations bornées et colorations équitables (attribué)
    • Équipe du LaBRI : Combinatoire et Algorithmique, thème " Graphes et Optimisation "
    • Directeur de thèse : Éric Sopena
    • Co-encadrant : Olivier Baudon
    • Financement : candidature sur allocations de recherche
    • Mots-clés : graphe – graphe orienté – coloration de graphes – coloration bornée – coloration équitable – coloration orientée – coloration acyclique – coloration par somme – coloration par liste.
    • Résumé : Les colorations B-bornées et équitables ont été essentiellement étudiées dans le cas des colorations propres. Le but de cette thèse est d’étudier ces deux notions dans le cadre d’autres types de colorations telles que, notamment, les colorations acycliques, les colorations orientées, les colorations par somme, les colorations par listes…
    • Présentation détaillée du sujet de thèse
  • Classification et détection des programmes malveillants (malwares) dans les applications mobiles. (non attribué)

Équipe Image et Son
  • Nouveaux biomarqueurs multi-échelles et multimodaux pour le diagnostic précoce de la maladie d’Alzheimer (attribué)
    • Directeurs: Pierrick Coupé (LaBRI), Gwénaëlle Catheline (INCIA)
    • Résumé: Malgré de nombreux travaux, la physiopathologie de la maladie d’Alzheimer (MA) reste encore mal connue et aucun traitement n’est à ce jour satisfaisant. Etant donné l’évolution très lente de la maladie avant le diagnostic, un des défis majeurs à relever est l’identification de biomarqueurs des phases très précoces de la maladie. On peut en effet faire l’hypothèse, qu’ils permettraient d’identifier les patients risquant de développer la maladie alors que les lésions cérébrales sont encore réversibles et de proposer de nouvelles stratégies de prévention ou thérapeutiques afin de limiter l’effet des lésions. Ce projet propose des contributions majeures à ce défi via le développement de nouveaux biomarqueurs permettant une analyse plus fine de l’anatomie cérébrale basée sur une stratégie multi-échelle et multimodale. Ces biomarqueurs permettront une analyse morphométrique avancée des sous-champs de l’hippocampe et une détection précise des altérations de sa microstructure. La fusion de ces biomarqueurs servira à établir des modèles prédictifs de l’évolution de la maladie pour les patients. Une validation sera effectuée sur de larges cohortes avec un suivi longitudinal comme la base de données ADNI2 (N=191) et deux bases du CHU de bordeaux 3C (N=413) et AMIMage (N=310). Cette validation sera effectuée de concert avec des cliniciens.
    • Sujet (pdf)
  • Extraction automatique de caractéristiques morphologiques des espèces pour la classification d'insectes : application aux ravageurs de culture et espèces invasives (non attribué)
    • Direction: Marie Beurton-Aimar (LaBRI)
    • Mots-clés: Traitement d'images de microscopie - Segmentation - Descripteurs formes – Quantification automatisée de points d'intérêt
    • Résumé: L'objectif de ce projet est d'aider à comprendre l'influence des paysages anthropisés sur la morphologie d'espèces invasives et d'auxiliaires des cultures. Pour cela, nous développerons une chaîne d'imagerie permettant des mesures morphométriques automatisées. Le lien entre ces variables phénotypiques et des métriques de la qualité de l'habitat (à l'échelle locale et/ou paysagère) sera ensuite étudié à l'aide de techniques de fouilles de données adaptées. En densifiant les mesures et en proposant des méthodes d'analyse adéquates, nous espérons améliorer la capacité à étudier les effets locaux sur les traits sous sélection et sur la structure des communautés via la divergence de traits. Ce projet est réalisé en collaboration avec l'Institut Génétique Environnement et Protection des Plantes (IGEPP) UMR 1349, de l'INRA de Rennes. Les biologistes de l'INRA disposent de moyens importants pour la collecte d'un grand nombre d'insectes dans des champs. Le but de cette collecte est de caractériser les différentes variétés présentes sur le site et ainsi de prévoir une lutte ciblée contre les destructions qu'elles occasionnent. Le LaBRI prendra en charge l'analyse des images. Jusqu'à présent, ces images sont analysées “à la main” par les biologistes, notre but est d'automatiser cette tâche en réalisant une segmentation des éléments anatomiques présents sur l'image puis de mettre en oeuvre une série de méthodes de classification à partir de paramètres fournis par les biologistes ou à partir de nouveaux classifieurs que le traitement d'images pourrait identifier.
    • Sujet (pdf)
  • Analyse des données vidéo et reconnaissance des objets en provenance de la vidéo égocentrée pour l’asservissement des neuro-prothèses motorisés des membres supérieurs. (non attribué)
    • Directeurs: Jenny Benois-Pineau (LaBRI), Aymar de Rugy (INCIA)
    • Mots-clés: Analyse vidéo, Reconnaissance des objets, attention visuelle, Contrôle Moteur ; Biomécanique ; Neuroprothèse.
    • Résumé: Les outils d’analyse et de reconnaissance de la vidéo égocentrée en provenance des dispositifs portés par des sujets ont beaucoup progressé ces dernières années. Ceci est dû à l’importance de l’exploration de l’humain dans un contexte médical, comportemental, d’assistance à l’handicap ou d’étude du geste sportif. Par ailleurs, les prothèses motorisées du membre supérieur se sont fortement développées. Afin d’améliorer les mécanismes de contrôle de ces prothèses, l'utilisation de la vidéo égocentrée est une piste prometteuse. En effet, la vidéo enregistrée avec des lunettes de type Google Glass, et pouvant inclure un dispositif de suivi du regard, permet d’identifier la scène observée par le porteur de la prothèse ainsi que les mouvements de ses membres ou de sa prothèse. Ainsi la coordination des mouvements des porteurs de prothèses dans des tâches élémentaires telles que la saisie et la manipulation des objets peut être améliorée, grâce à l’intégration de cette information dans des boucles de rétroaction. Dans le cadre de ce projet de recherche, nous avons pour ambition, en nous appuyant sur les compétences des équipes du LaBRI, de l’Inria et de l’INCIA, de développer des outils d’analyse des actions élémentaires des sujets, tels la saisie des objets. Cette recherche, pionnière sur le plan national et naissante à l’international, permettra de mieux comprendre les mécanismes perception-action et d’utiliser cette information pour l’asservissement des prothèses. Le projet s’appuiera également sur la plate-forme robotique Poppy, développée par l’équipe Flowers de l’Inria et utilisée en collaboration avec l’équipe INCIA.
    • Sujet (pdf)

Équipe Méthodes Formelles
  • Développement de la programmation par tuilage pour les systèmes multimédia interactifs (attribué)
    • Directeurs: David Janin, Myriam Desainte-Catherine, Sylvain Salvati
    • Résumé: L’outil informatique permet de créer des œuvres interactives complexes. Dotées de synthétiseurs et de capteurs performants, ces œuvres contemporaines, multimodales, manipulent et mêlent des média de toute sorte: du son, de l'image, de la musique, des animations, des gestes. Les créateurs de ces œuvres sont souvent des artistes. Ils ne sont que plus rarement des informaticiens. Notre projet vise donc à simplifier l'accès des artistes aux outils de conception de ces systèmes informatisés. Pour cela, nous proposons de nouvelles interfaces pour une manipulation, plus transparente, plus uniforme, des flux média temporisés. Dans une démarche scientifique qui laisse une large par à la recherche fondamentale, nous développons des modèles abstraits qui permettent de décrire le lancement, la synchronisation, le mixage, la transformation de ces flux, indépendamment de leurs natures. Transversale, notre approche facilite l'intégration et la coordination des outils existants. Pluridisciplinaire, en nous appuyant par exemple sur les outils conceptuels de la théorie des monoïdes inversifs, encore peu connue en informatique, notre proposition devrait offrir aux œuvres de demain, complexes, hiérarchiques, multi-échelles, multimodales, des outils de réalisation plus fiables, plus robustes et plus modulaires. Dans le cadre mathématique de la théorie des monoïdes inversifs appliquée à la programmation de systèmes temporisé interactifs, le projet de thèse proposé ici vise à développer les techniques de modélisation et de programmation par tuilage.
    • Sujet (pdf)
  • Characterizations of word transformations (attribué)
    • Directeurs : Olivier Gauwin (LaBRI), Emmanuel Filiot (ULB),
    • Résumé : The main objective of this PhD thesis is to achieve progress in the theory of transformations, similar to the knowledge we have in language theory. In order to achieve this objective, this proposal addresses several research challenges to build and compare three necessary pillars for a rich theory of transformations: computational, algebraic and logical models for transformations. Computational models are important to establish the algorithmic of transformations, algebraic models are used to study the structural properties of classes of transformations, and logic is used to describe transformations, at a higher level of abstraction. La thèse est déjà attribuée.

Modèles et algorithmes pour la bioinformatique et la visualisation d'informations
  • Stockage de données NGS provenant de génomes hautement Similaires (attribué)
    • Directeur: Guillaume Blin
    • Encadrante : Raluca Uricaru
    • Mots-clés: NGS, données massives, compression, indexation
    • Résumé: L'objectif de cette thèse est de proposer une nouvelle approche destinée à représenter et à analyser simultanément les données massives NGS de reséquençage (séquençage des nombreux individus provenant d'une même espèce), sans utiliser une séquence de référence et en tirant partie de la haute similarité de ces dernières. Un intérêt pour le domaine de la biologie ou le domaine de la recherche biomédicale est nécessaire. Des compétences déjà acquises en génétique, génomique et biologie ne sont pas requises, bien qu’elles seront un plus.
    • Sujet (pdf)
  • GEOBS – Réseaux multiplexes et données géographiques. Les géo-portails dans la gouvernance informationnelle de l’environnement (attribué)
    • Directeur: Guy Mélançon
    • Encadrant: Bruno Pinaud
    • Résumé: Le recours croissant à l’information géographique numérique accessible via des géoportails en ligne est actuellement perceptible à tous les niveaux de la société : décideurs, praticiens du territoire, scientifiques, citoyens. Néanmoins, il existe aujourd’hui peu d’études décrivant finement les manières dont les informations géographiques sont produites par un large spectre de producteurs (experts, citoyens). Plusieurs verrous scientifiques l’expliquent telle que la difficulté pour accéder à une vision globale de l’ensemble des informations qui transitent par ces plateformes décentralisées, pour repérer les usagers, producteurs et/ou utilisateurs, ou encore pour qualifier ces usages et pour les définir les uns par rapport aux autres. Pour traiter de ces questions concernant la profusion de données géographiques (data deluge), il est nécessaire de concevoir une méthodologie allant de la captation de données diversifiées et volumineuses (métadonnées, affichage des sites Web, résultats d’enquêtes et d’entretiens), jusqu’à l’analyse et la représentation de données relationnelles dynamiques. La méthodologie et les prototypes d’outils envisagés doivent permettre d’analyser la couverture spatiale, temporelle et thématiques des plus de 45000 jeux de données diffusés en proposant des (géo-) visualisations dynamiques exploratoires.
    • Sujet (pdf)
  • Développement de méthodes d'intégration de sources de connaissances hétérogènes pour une annotation unifiée de groupes de gènes (non attribué)
    • Directrices: Patricia Thebault et Fleur Mougin
    • Mots-clés: Bioinformatique, intégration, similarité sémantique, data mining, Web sémantique
    • Résumé: Les récents progrès des nouvelles technologies de séquençage ouvrent de nouvelles voies pour l’étude du vivant grâce à une augmentation sans précédent de la quantité de données et de leur hétérogénéité. Cet amas d’information est essentiel pour permettre d’améliorer la compréhension des relations entre génotype et phénotype. Pour répondre à ces besoins et proposer des annotations pertinentes exprimant la fonction biologique de groupes de gènes reliés phénotypiquement, il est essentiel d’exploiter conjointement toutes ces informations en prenant en compte à la fois leur hétérogéinité et les liens implicites qui les relient. Dans ce contexte, nous envisageons deux axes de développements qui visent (1) à proposer de nouvelles mesures de similarité sémantique entre des sources d’information hétérogènes et (2) à développer de nouvelles approches de data mining avec pour but commun de déterminer l’ensemble restreint des annotations les plus pertinentes permettant d’expliquer la fonction biologique d’un groupe de gènes. .
    • Sujet (pdf)

Équipe Programmation, Réseaux et Systèmes
  • Quality of Service based Content Optimization in Mobile Edge Environment (attribué)
    • Directeur: Toufik Ahmed
    • Mots-clés: Quality of Service (QoS), Software-Defined Networking (SDN), Network Functions Virtualization (NFV), Resource Management
    • Résumé: The aim of this thesis is to study how Mobile Edge Environment as a new paradigm can enable innovative application such content delivery optimization and enhance the user quality of service and quality of experience. The challenges to be solved are:
      • Dynamic placement of virtualized network functions (VNF).
      • Defining a programmable and Software-Defined Networking (SDN that should be resilient and should not affect network availability while it should have the necessary fault tolerance mechanisms to ensure that it is operating according to the expected behavior.
      • Achieving a unified resource management.
    • For more details, see the attached file: Sujet (pdf)
  • Managing the explosion of M2M communications in the IoT by leveraging the SDN architecture (attribué)
    • Directeur: Damien Magoni
    • Mots-clés: M2M, IoT, SDN
    • Résumé : The Internet of Things, which is expected to be orders of magnitude bigger than the current Internet will be between machines, thus leading to massive M2M communications. The aim of this thesis is to draw a state of the art of SDN and NFV and to define some possible solutions for coping with this explosion of M2M communications and related challenges.
    • For more details, see the attached file: Sujet (pdf)
  • Optimizing JavaScript web applications (non attribué)
    • Directeur: David Bromberg
    • Résumé : Through the years, several methods have emerged to deal with the complexity of web application development. With the rise of Node.js and JavaScript on the back-end side, the use of JavaScript as a pivot language becomes a reality. A new door is open to many front-end developers, enabling them to move to the back-end side, and to develop at once both the back-end and the front-end. This paradigm shift opens the way to new tools and interaction paradigms to solve UI-specific concerns. In this project, we propose to explore and evaluate the impact of the use of JavaScript as a pivot language to develop web applications, and to provide new tools, and methodologies to design highly efficient web applications.
    • For more details, see the attached file: Sujet (pdf)
  • Sécurité et vie privée centrées sur l’utilisateur dans l’IoT (non attribué)
    • Directrice: Francine Krief
    • Mots-clés: Internet des objets, Sécurité, Confidentialité, Intégrité, Authentification, Vie privée, Contexte utilisateur, Contraintes d’environnement
    • Pour plus de détails, consulter le résumé du Sujet (pdf)

Équipe Supports et Algorithmes pour les Applications Numériques Hautes Performances
  • Utilisation des matrices hiérarchiques pour réduire la complexité calculatoires des solveurs linéaires creux parallèles basés sur des techniques de factorisation pour méthodes directes (attribué)
    • Directeurs: Jean Roman, Pierre Ramet
    • Résumé : On souhaite étudier l'impact calculatoire et numérique des techniques de compression exploitant l’arithmétique des matrices hiérarchiques (H-matrix) dans les blocs denses qui apparaissent lors de la factorisation numérique de matrices creuses de grande taille. L'utilisation des familles de matrices hiérarchiques repose sur une approximation de rang faible de blocs extra-diagonaux denses dont les structures sont identifiées par des techniques de « clustering » (dont la définition et l’étude sont à étudier dans le cadre de ces travaux pour des matrices générales). Dans un premier temps, l'étude pourra se focaliser sur la compression du complément de Schur, particulièrement consommateur en mémoire et central dans le cadre des solveurs hybrides. Ce travail impactera naturellement les travaux sur le solveur hybride de l’équipe commune HiePACS et l’implantation logicielle MaPHyS. Dans un deuxième temps, nous souhaitons développer un prototype du solveur PaStiX exploitant les techniques de compression des supernoeuds sur plusieurs niveaux de l’arbre d’élimination. Ceci réduira l'empreinte mémoire et l’impact sur la réduction du nombre d’opérations lors de la factorisation numérique sera étudiée. Il faudra alors développer et analyser de nouvelles techniques de renumérotation pour préserver les arbres de compression et ainsi développer un couplage efficace et compatible entre l'arbre de compression des matrices hiérarchiques et les techniques de renumérotation à base de dissections emboîtées qui cherchent à minimiser le remplissage. Compte tenu de la réduction du coût mémoire lié au remplissage, d’autres métriques pourront également être considérées pour guider la numérotation.
    • Sujet (pdf)

contact : Colette Johnen

Page mise à jour le 11/01/2016 à 16:20