Bruno Pinaud
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Publications et communications

Revues internationales avec comité de lecture

  1. Advantages of mixing bioinformatics and visualization approaches for analyzing sRNA-mediated regulatory bacterial networks.P. Thébault, R. Bourqui, W. Benchimol, C. Gaspin, P. Sirand-Pugnet, R. Uricaru, I. Dutour, Briefings in Bioinformatics journal, pp 1–11, 2014.

  2. GosperMap: Using a Gosper Curve for Laying out Hierarchical Data, D. Auber, C. Huet, A. Lambert, B. Renoust, A. Sallaberry, A. Saulnie. IIEEE Trans. on Visualization and Computer Graphics, Vol. 19(11), pp. 1820-32, 2013.
  3. PORGY: A Visual Graph Rewriting Environment for Complex Systems. B. Pinaud ; G. Melançon; J. Dubois Computer Graphics Forum, Blackwell Publishing, 2012, Eurographics Conf. on Visualization (EuroVis), vol. 31 (3), pp. 1265-1274, 2012.

  4. Pathway Preserving Representation of Metabolic Network.A. Lambert; J. Dubois; R. BourquiComputer Graphics Forum, Blackwell Publishing, 2011, Eurographics Conf. on Visualization (EuroVis), vol. 30(3), pp. 1021–1030, 2011.

  5. Animation, Small Multiples, and the Effect of Mental Map Preservation in Dynamic Graphs. D. Archambault, H. Purchase et B. Pinaud, IEEE Trans. on Visualization and Computer Graphics, 2011, vol. 17 (4), pp.539-552.

Communications internationales

  1. A Visual Analytic Approach to compare propagation models in social networks. J. Vallet, B. Pinaud, G. Melançon, H. Kirchner, Graphs as Models 2015. Accepté pour publication. Voir http://www.utwente.nl/ewi/gam2015.

  2. Port Graph Rewriting: An Interactive Modelling and Analysis Framework.M. Fernandez, H. Kirchner, B. Pinaud. D. Bošnački, Stefan E., A. Lluch Lafuente, A. Wijs (eds). 3rd Workshop on GRAPH Inspection and Traversal Engineering, 2014, Elec. Proc. in Theoretical CS (EPTCS), vol. 159, pp.15–29

  3. Genome-wide detection of sRNA targets with rNAV. J. Dubois, A. Ghozlane, P. Thébault, I. Dutour and R. Bourqui, in Proc. of the 3rd IEEE Symp. on Biological Data Visualization, 2013, pp. 81-88.

  4. Systrip: a visual environment for the investigation of time-series data in the context of metabolic networks. J. Dubois, L. Cottret, A. Ghozlane, D. Auber, F. Bringaud, P. Thebault, F. Jourdan, R. Bourqui. 16th Int. Conf. on Information Visualisation (IV), pp. 204–213, 2012.

  5. PORGY : Strategy-Driven Interactive Transformation of Graphs. O. Andrei, M. Fernandez, H. Kirchner, G. Melançon, O. Namet, B. Pinaud. 6th Int. Work. on Computing with Terms and Graphs (TERMGRAPH), Elec. Proc. in Theoretical CS (EPTCS), Vol. 48, pp 54–68, 2011

Conférences francophones

  1. Une approche de visualisation analytique pour comparer les modèles de propagation dans les réseaux sociaux. J. Vallet, B. Pinaud et G. Mélançon. Revue des Nouvelles Technologies de l'Information vol.RNTI-E-E-28, pages 365-376, Extraction et Gestion des Connaissances 2015, Prix du meilleur article académique

  2. Visualization of time-series data in the context of metabolic networks with Systrip Software. J. Dubois, L. Cottret, A. Ghozlane, D. Auber, F. Bringaud, P. Thébault, F. Jourdan and R. Bourqui, Actes des Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), 2013.

Posters

  1. Studying propagation dynamics in networks through rule-based modeling. J. Vallet, B. Pinaud, G. Mélançon. Visual Analytics Science and Technology (IEEE VAST), Poster Electronic Proc. VAST2014

  2. A visualization approach to analyse bacterial sRNA-mediated regulatory networks.J. Dubois, A. Ghozlane, P. Thébault, I. Dutour and R. Bourqui, Poster of Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), 2013.

  3. PORGY: Interactive and Visual Reasoning with Graph Rewriting Systems. Bruno Pinaud, Jonathan Dubois, Guy Melançon. Conf. on Visual Analytics Science and Technology (VAST), IEEE (Poster Abstract), pp.293-294, 2011

Communications sans acte et séminaires invités

  1. rNAV, a new software mixing bioinformatics and visualization approaches for analysing bacterial sRNA-mediated regulatory networks (invité), W. Benchimol, P. Thébault, T. Bandres, J. Dubois, I. Dutour, R. Bourqui, 6th Bordeaux RNA Club Workshop, June 26-27, 2014

  2. Propagation Dynamics in Social Networks Through Rule-Based Modeling, J. Vallet, B. Pinaud, G. Melançon, H. Kirchner, 1st European Conference on Social Network (EUSN), 2014

  3. Genome-wide detection sRNA targets with rNAV (invité), Romain Bourqui, Atelier PROSPECTOM 2014 (http://mi2s.imag.fr/pm/atelier-prospectom-2014)

  4. Metabolic network visualization (invité), R. Bourqui, « session spéciale » BioNetVis: Biological Networks Visualization, infovis in a world of pathways' diversity, ISMB/ECCB 2013.

  5. iRNA: Integrative pipeline for genome-wide detection of sRNA-target.A. Ghozlane, J. Dubois, I. Dutour, R. Bourqui, M. Breton, P. Thébault, Atelier BioArn, Toulouse, 2012.

  6. PORGY : une plate-forme visuelle et interactive pour la réécriture de graphes, B. Pinaud. Journée Visu 2012, Télécom Paris Tech, 2012, Voir http://visu2012.imag.fr.

  7. PORGY : un environnement interactif et visuel pour la simulation de systèmes complexes basé sur Tulip et sur la réécriture de graphes (invité), Bruno Pinaud, Dynamic Network Days, université du Havre, 2012. Voir http://oldwww.litislab.eu/front-page/themes/reseaux-dinteractions-et-intelligence-collective/RIIC dynamic/dynamic-network-days/bernarticleblock_direct_view.

  8. PORGY : Un environnement interactif et visuel pour la réécriture de graphes adapté aux systèmes complexes, Bruno Pinaud, Séminaire (invité) de l'équipe Complex Networks, laboratoire d'informatique de l'Université Paris 6 (LIP6), 2011. Voir http://www.complexnetworks.fr/porgy-un-environnement-interactif-et-visuel-pour-la-reecriture-de-graphes-adapte-aux-systemes-complexes

  9. EVIDEN est présent dans le cahier de l’ANR n°4 Intelligence Artificielle et Robotique "Confluences de l'Homme et des STIC".