Résumé | Les réseaux phylogénétiques généralisent le modèle de l'arbre pour
décrire l'évolution, en permettant à des arêtes entre les branches de
l'arbre d'exprimer des transferts de matériel génétique entre espèces
coexistantes. De nombreuses approches combinatoires ont été conçues
pour reconstruire ces réseaux à partir de données extraites de
plusieurs arbres de gènes contradictoires. Elles se divisent en
plusieurs catégories selon le type de données en entrées (triplets,
quadruplets, clades ou bipartitions) et les restrictions de structure
sur les réseaux reconstruits.
Je présenterai deux approches combinatoires de reconstruction de
réseaux phylogénétiques, à partir de clades ou de quadruplets, ainsi
que des propriétés de structure des réseaux qu'elles reconstruisent.
Je montrerai également des limites de de ces méthodes, et la façon de
les prendre en compte, en particulier par des pré-traitements
appropriés des données. |