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Intitulé:   
Discovering molecular mechanisms from sRNA-seq data analyses: a new step in transcriptome exploration.
du groupe BioInformatique et Visualisation

Date 2011-11-17  11:00-12:30
TitreDiscovering molecular mechanisms from sRNA-seq data analyses: a new step in transcriptome exploration. 
RésuméLes nouvelles techniques de séquençage ("Next Generation Sequencing" ou "NGS") permettent de caractériser le contenu en ARNs des cellules avec une précision et une amplitude jusque la inaccessibles. Dans cet expose nous verrons comment l'analyse bioinformatique de données "NGS" de type transcriptome peut également révéler des nouveaux mécanismes moléculaires opérant dans les cellules humaines a travers deux exemples issus de projets de séquençage de petits ARNs: un processus de clivage des ARN messagers suivi de "re-capping", identifie à partir de séquences obtenues sur une plateforme Illumina/Solexa, et un mécanisme de copie d'ARN à partir de transcripts, découvert en analysant des séquences produite par la technologie "tSMS" ("true Single Molecule Sequencing") de Helicos Bioscience. Références: Post-transcriptional processing generates a diversity of 5'-modified long and short RNAs. Affymetrix ENCODE Transcriptome Project; Cold Spring Harbor Laboratory ENCODE Transcriptome Project. Nature. 2009 Feb 19;457(7232):1028-32. New class of gene-termini-associated human RNAs suggests a novel RNA copying mechanism. Kapranov P, Ozsolak F, Kim SW, Foissac S, Lipson D, Hart C, Roels S, Borel C, Antonarakis SE, Monaghan AP, John B, Milos PM. Nature. 2010 Jul 29;466(7306):642-6. 
Lieu178 
OrateurSylvain Foissac 
UrlIntegromics 



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