Evènement pour le groupe BioInformatique et Visualisation


Date 2015-02-19  11:00-12:00
TitreXEML-Lab, un outil graphique pour la conception d'expériences et la gestion de métadonnées environnementales et expérimentales 
RésuméExploiter le potentiel énorme du nombre toujours croissant d'études en Métabolomique nécessite une annotation structurée des métadonnées associées à l'expérience afin de permettre une intégration de données pertinente et d'élaborer une analyse d'exploration de données. Nous avons mis au point un outil logiciel pour la capture de métadonnées, XEML-Lab Designer permettant la conception intuitive d'expériences. XEML-Lab a été à l'origine conçu pour la capture de métadonnées environnementales afin d'inviter les biologistes à partager leurs données environnementales. Pour améliorer la visibilité et l'utilisation par la communauté, XEML-Lab a été développé pour fonctionner sur toutes les plates-formes (Windows, Linux et Mac). Beaucoup de fonctionnalités nouvelles ou améliorées ont été intégrées dans le nouveau XEML-Lab, y compris l'importation de données environnementales à partir d'un fichier tabulaire (csv, tsv), le tracé de chaque variable quantitative pendant le temps de l'expérience ou encore l'exportation de l'expérience au format ISA-tab pour déposer sur Metabolights. Pour décrire et capturer les métadonnées, il est maintenant possible d'utiliser différents types d'ontologies, environnementales, structurelles ou des stades de développement (XEO, Envo, EO, Xeo_positioning, PO_developmental et PO_Structure). Afin d'avoir une meilleure appréhension de l'expérience, ces données environnementales sont corrélées avec les données expérimentales stockées dans les bases de données dédiées. La connexion avec la base de données PLATO (INRA) a ainsi été réalisée. tout cela permet de décrire plus finement le design expérimental, les conditions et ainsi d'expliquer l'apparition d'un phénotype ou d'une réponse à un traitement donné. 
Lieusalle 75, LaBRI 
OrateurBenjamin Dartigues 
UrlCBiB 



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