Evènement pour le groupe BioInformatique et Visualisation


Date 2016-01-28  11:00-12:00
TitreImportance de la conformation de l’ADN dans la régulation de l’expression génique 
RésuméIntroduction à l’analyse de données Hi-C: des reads aux interactions. Hi-C est l’une des principales méthodes d’investigation de la co-localisation spatiale de l’ADN. Cette co-localisation représente les interactions ADN-ADN. Cependant, les données brutes issues des expériences Hi-C comportent des biais importants et des contacts aléatoires, ce qui rend l’identification des interactions réelles difficile. Les méthodes bioinformatiques existantes sont basées sur des modèles complexes pour prendre en compte les biais et ne fournissent pas de seuil de significativité pour détecter les interactions. Je vais vous présenter un modèle probabilistique binomial simple qui résout les biais complexes et distingue les vraies interactions des fausses. Le modèle corrige les biais d’origine connue et inconnue et calcule une p-valeur pour chaque interaction, fournissant un seuil fiable basé sur cette significativité. Nous avons montré ceci expérimentalement en testant l’outil sur un experience d’interactions aléatoires. Cette méthode donne de meilleurs résultats que les méthodes précédentes et fournit un framework statistique pour de futures analyses, comme la comparaisons d’interactions Hi-C entre différentes conditions.  
LieuLaBRI, salle 178 
OrateurElodie Darbo 
UrlCBiB 



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