Evènement pour le groupe BioInformatique et Visualisation


Date 2016-04-28  11:00-12:00
TitrePatterns en biodiversité et formes de nuages de points 
RésuméL'étude de la biodiversité a été l'un des piliers de la biologie, et son unique objet pendant des siècles. La théorie de l'évolution est un cadre unificateur qui permet de comprendre les processus qui l'ont façonnée. Depuis une vingtaine d'années, la diversité taxonomique est étudiée sous l'angle moléculaire. Cette approche a été le point de départ de très nombreuses études de phylogénies moléculaires (la diversité comme fruit de l'histoire). Récemment, l'accès à la diversité du vivant s'est élargi par la production massive de données, via les technologies NGS. Dans ce séminaire, je présenterai un cadre pour aborder quelques questions liées aux patterns de biodiversité avec un effort de formulation rigoureuse, et des pistes de connexion avec des domaines en mathématiques et informatiques appliquées, en ayant en tête le fameux " passage à l'échelle " devant l'afflux massif de données issues de NGS. Cela impose de travailler sur des matrices de distances, ou dissimilarités, plus que des approches phylogénétiques. Trois types d'approches seront présentées, avec à chaque fois une approche classique, un exemple, des questions pour connecter ces approches à un domaine, en général du " machine learning ", et des façons d'aborder le passage à l'échelle : comment construire des OTUs ("Operational Taxonomic Units ", une question de clustering non supervisé, à la fois avec une approche géométrique (isométries dans un espace euclidien ou pseudo-euclidien), ou structurales (cliques, communautés ou composantes connexes sur graphes) comment construire un inventaire taxonomique connaissant un ensemble de reads issus de séquençages NGS et une base de référence annotée (classification supervisée).  
Lieu178 
OrateurAlain Franc  
Emailalain.franc@inria.fr 
UrlUMR BioGeCo, INRA - équipe Pleiades, INRIA SO 



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