Evènement pour le groupe BioInformatique et Visualisation


Date 2011-04-07  11:00-12:30
TitreRéseaux phylogénétiques pour la visualisation de données biologiques et textuelles 
RésuméLes réseaux phylogénétiques généralisent le modèle de l'arbre pour décrire l'évolution, en permettant à des arêtes entre les branches de l'arbre d'exprimer des transferts de matériel génétique entre espèces coexistantes. Ces réseaux sont reconstruits à partir de différents types de données : séquences, distances, ou données combinatoires (arbres, triplets, quadruplets, clades, bipartitions). On peut les classer en deux types : réseaux abstraits qui permettent de visualiser les données en faisant apparaître des zones conflictuelles qui traduisent une évolution non arborée, et les réseaux explicites qui modélisent l'évolution des espèces, où tout sommet représente une espèce ancestrale ou actuelle. Je présenterai plusieurs approches pratiques de reconstruction de réseaux phylogénétiques, explicites et abstraits, en précisant les précautions d'emploi des méthodes combinatoires. Je montrerai également comment les réseaux phylogénétiques peuvent être utilisés comme moyen de visualisation de données textuelles, en généralisant la visualisation en nuage arboré. 
LieuAmphi (LaBRI) 
OrateurPhilippe Gambette 
EmailPhilippe.Gambette@lirmm.fr 
UrlInstitut de Mathématiques de Luminy 



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