Résumé | Les réseaux phylogénétiques généralisent le modèle de l'arbre pour décrire
l'évolution, en permettant à des arêtes entre les branches de l'arbre
d'exprimer des transferts de matériel génétique entre espèces
coexistantes. Ces réseaux sont reconstruits à partir de différents types
de données : séquences, distances, ou données combinatoires (arbres,
triplets, quadruplets, clades, bipartitions). On peut les classer en deux
types : réseaux abstraits qui permettent de visualiser les données en
faisant apparaître des zones conflictuelles qui traduisent une évolution
non arborée, et les réseaux explicites qui modélisent l'évolution des
espèces, où tout sommet représente une espèce ancestrale ou actuelle.
Je présenterai plusieurs approches pratiques de reconstruction de réseaux
phylogénétiques, explicites et abstraits, en précisant les précautions
d'emploi des méthodes combinatoires. Je montrerai également comment les
réseaux phylogénétiques peuvent être utilisés comme moyen de visualisation
de données textuelles, en généralisant la visualisation en nuage arboré. |