Evènement pour le groupe BioInformatique et Visualisation


Date 2008-02-21  11:00-12:00
TitreReconstruction de l'architecture de génomes ancestraux 
RésuméJian Ma et le groupe de David Haussler (UCSC) ont publié en 2006 une méthode de reconstruction de l'ordre des gènes du génome de l'ancêtre des mammifères. Le génome proposé semble finalement réconcilier les approches bioinformatique et cytogénétique, objet d'une récente polé- mique dans Genome Research. Néammoins, la méthode de Ma soulève encore quelques questions qui ont motivé le travail que je vais présenter, effectué en collaboration avec Eric Tannier. Je présenterai d'abord la méthode que nous proposons, ses résultats sur un jeu de données utilisant les génomes de l'humain, du macaque, du chien, de la vache, de la souris, du rat, du poulet et de l'opossum (ces deux derniers servant d'outgroup), et finalement une série de remarques méthodologiques plus générales sur l'utilisation de l'ordre des gènes dans la reconstruction de génomes ancestraux. 
Lieu075 
OrateurCédric Chauve 
Emailcedric.chauve@sfu.ca 
UrlSimon Fraser University, Canada 



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