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Evènement pour le groupe BioInformatique et Visualisation
| Date | 2008-02-21 11:00-12:00 |
| Titre | Reconstruction de l'architecture de génomes ancestraux |
| Résumé | Jian Ma et le groupe de David Haussler (UCSC) ont publié en 2006 une
méthode de reconstruction de l'ordre des gènes du génome de l'ancêtre
des mammifères. Le génome proposé semble finalement réconcilier les
approches bioinformatique et cytogénétique, objet d'une récente polé-
mique dans Genome Research. Néammoins, la méthode de Ma soulève
encore quelques questions qui ont motivé le travail que je vais présenter,
effectué en collaboration avec Eric Tannier.
Je présenterai d'abord la méthode que nous proposons, ses résultats sur un
jeu de données utilisant les génomes de l'humain, du macaque, du chien, de
la vache, de la souris, du rat, du poulet et de l'opossum (ces deux derniers
servant d'outgroup), et finalement une série de remarques méthodologiques
plus générales sur l'utilisation de l'ordre des gènes dans la
reconstruction de génomes ancestraux. |
| Lieu | 075 |
| Orateur | Cédric Chauve |
| Email | cedric.chauve@sfu.ca |
| Url | Simon Fraser University, Canada |
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