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Liste des événements uniques du groupe Bio-informatique
| 2007-12-13 | Comparaison de structures biologiques arborescentes |
09:30-10:30 salle 178 |
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| 2007-12-06 | Exploration bioinformatique des relations entre mécanismes moléculaires et fonctions cellulaires |
09:30-10:30 salle 178 |
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| 2007-11-29 | Alignement de structures secondaires d'ARN |
09:30-10:30 Labri, Salle 178 |
Nos travaux portent sur la comparaison de structures secondaires d'ARN sans pseudo-noeud. Il est possible de modéliser ces structures par des arbres ordonnés étiquetés. Il existe des algorithmes polynomiaux d'édition et d'alignement d'arbres (Zhang-Shasha 89, Jiang et al. 95). Cependant, les opérations d'éditions utilisées par ces algorithmes ne sont pas adaptées pour l'ARN.
D'un autre côté, il a été montré que si l'on utilise un jeu d'opérations réaliste d'un point de vue biologique, le problème de l'édition de structures secondaires sans pseudo-noeud est NP-complet (Blin et al. 03).
Nous avons étudié le problème de l'alignement, avec ce même jeu d'opérations réaliste, de structures secondaires d'ARN sans pseudo-noeud. Nous présenterons un algorithme polynomial pour ce problème, ainsi qu'une étude de la complexité en moyenne de cet algorithme et de l'algorithme d'alignement d'arbres de Jiang et al. |
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| 2007-07-05 | Développement d'outils pour l'analyse de
l'expression des gènes de Légumineuses / One small step for
bioinformatics, a giant leap for plant biology |
09:30-10:30 Bordeaux 2 / amphi PGF |
à venir |
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| 2007-06-14 | Présentation de Patricia Thebault, nouvelle Maitre de conférences au CBiB |
09:30-10:30 LaBRI, salle 178 |
Patricia vient d'être recrutée maitre de conférences au
CBiB. Elle nous présentera un survol de ses travaux de thèse et de post-doc.
Réseaux de contraintes et recherche d'ARN dans les génomes:
Les récentes découvertes de nouvelles fonctions assurées par les ARN non
codants pour des protéines a relancé la recherche autour de ces
molécules. De façon conjointe à l'évolution des connaissances
biologiques, de nouveaux formalismes doivent être proposés pour
modéliser ces caractéristiques.
Les séquences génomiques peuvent être considérer comme des textes, et
une molécules de type ARN peut se définir comme un ensemble de mots
connectés par un ensemble de relations.
Pour rechercher de tels gènes, nos choix méthodologiques se sont
orientés vers le formalisme des réseaux de contraintes. Un des avantages
de cette représentation est d'exploiter et de combiner de façon
modulaire des algorithmes efficaces de recherche de mots pour modéliser
le niveau de compléxité des ARN recherchés. Nos développements
méthodologiques ont abouti au logiciel MilPat.
Analyse des réseaux biologiques de la levure. Vers une définition de la
modularité.
L'objectif est de proposer un cadre pour l'analyse (à court terme) et la
modélisation (à moyen terme) des relations entre le génotype et le
phénotype. Un premier axe des travaux en cours, menés sur la levure,
porte sur l'étude des liens entre les réseaux de régulation et les
réseaux métaboliques. Un objectif final étant la décomposition des
réseaux biologiques en modules fonctionnels, un second axe de nos
analyses se concentre sur l'analyse biostatistique des données
d'expression en lien avec les réseaux métaboliques et de régulation. |
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| 2007-06-07 | TomaCyc et MitoCyc : 2 projets d'extensions de la plateforme BioCyc |
09:30-10:30 salle 178 |
La plateforme BioCyc dévelopée au SRI par l'équipe de P. Karp fournit
actuellement de nombreux outils pour la gestion de données biologiques :
* Banque de données sous différents formats.
* Calcul de réseaux.
* Affichage dynamique de ces réseaux.
Dans le cadre de 2 projets, l'un en partenariat avec l'INRA sur la
modélisation du métabolisme secondaire de la tomate et l'autre avec
l'équipe INSERM 688 sur la modélisation du métabolisme mitochondriale,
nous avons été conduit à étendre les fonctions proposées par BioCyc
en ajoutant des spécificités comme le codage d'équations
mathématiques ou le marquage de carbone (RMN).
L'exposé présentera :
* La plateforme BioCyc et son modèle de données.
* L'outil de gestion de données pathwaytool associé à BioCyc.
* Les extensions qui sont en cours de développement. |
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| 2007-04-26 | Tri parfait par renversements |
09:30-10:30 salle 178 |
Trier une permutation signee en utilisant un nombre minimum de renversements
est un probleme maintenant bien maitrise (du point de vue algorithmique) et
qui a ete utilise dans plusieurs travaux importants de comparaison de
genomes entiers (par le groupe de Pevzner a San Diego notamment).
Dans cet expose, je vais presenter une extension de la theorie du tri de
permutation signees qui permet de prendre en compte non plus le seul critere
(combinatoire) de parsimonie des scenarios proposes, mais aussi la notion de
conservation des syntenies entre genomes.
Il s'agit d'un travail en collaboration avec Severine Berard (LIRMM), Anne
Bergeron (UQAM) et Christophe Paul (LIRMM) et le papier est accessible a
l'URL
http://www.lacim.uqam.ca/~chauve/Publications/TCBB-WABI05.pdf
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| 2007-04-05 | Evolutionary Bioinformatics : protein domains, stress response and biological networks |
09:30-10:30 salle 178 |
L'invitée sera Amélie Véron, doctorante dans l'équipe "Evolutionary Bioinformatics"
dirigée par Prof. Erich Bornberg-Bauer, Institut pour l'Evolution et la Biodiversité,
université de Muenster, en Allemagne.
Titre: Evolutionary Bioinformatics:
protein domains, stress response and biological networks
Résumé:
Comment l'evolution moleculaire peut-elle conduire a l'apparence de
systemes complexes dont les parties sont inter-dependantes ?
Afin d'apporter des elements de reponse a cette question fondamentale,
nous utilisons la masse de donnees issues de projets de genomique,
transcriptomique et proteomique. Ainsi, nous nous interessons a
l'evolution modulaire des proteines, aux mecanismes d'evolution des
sequences proteiques et nucleiques, a l'evolution de la reponse
genetique au stress, et a l'evolution des reseaux biologiques. Plus
particulierement, nous avons examiné les reseaux formés par la
dimerisation de familles de facteurs de transcription. En combinant la
phylogénie, la structure et les données d'interaction des proteines de chaque
famille, nous avons pu identifier les forces responsables de la
formation de ces reseaux. |
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| 2007-02-15 | Jean-François Boulicaut - Si les bases de données inductives sont la réponse, quelle est la question ? |
09:30-10:30 amphi PGF, Bordeaux 2 |
résumé à venir |
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| 2007-02-08 | Macha Nikolski - Reconstruction de génomes ancestraux |
09:30-10:15 amphi LaBRI |
résumé à venir |
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| 2007-02-08 | Vincent Lacroix - Recherche de Motifs dans les Réseaux Métaboliques |
10:30-11:15 amphi LaBRI |
résumé à venir |
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| 2007-02-01 | Géraldine Jean - Distance en réarrangements entre deux génomes et calcul d'un scénario parcimonieux |
09:30-10:30 salle 178 |
Analysis of genome rearrangements in molecular biology gives a
measurement of evolution between species. We consider two closely
related problems in genome rearrangements. The first problem
consists in finding, by parcimony criteria and for a defined set of
rearrangement operations, exact number of such operations needed to rewrite
one genome into another. The second problem, linked to genomic distance, is
to compute a most parcimonious rearrangement scenario that makes possible
evolution mechanisms understanding.
In the considered model, two genomes defined on the same set
of gene markers without duplications are represented by signed
permutations. Hannenhalli and Pevzner provided a method (corrected by Tesler
and next by Ozery-Flato and Shamir) for multichromosomal genomes adapted from
unichromosomal one which give an exact formula for genomic distance. This
method requires an optimal capping to cleverly delineate chromosomes of
genome then an optimal concatenation to assemble them for making an optimal
single permutation which leads to a parcimonious scenario.
After presenting Hannenhalli and Pevzner theory, I will show you thatOzery-Flato's and Shamir's algorithm, which is supposed to construct an optimal capping, fails and I will propose a correct algorithm to construct an optimal capping. |
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| 2006-11-09 | CBiB : bilan et projets |
09:30-10:30 CBiB, bibliothèque 4ème étage |
Antoine de Daruvar présentera le bilan de l'évaluation du CBiB en tant que plateforme RIO et nous parlera du Réseau National des plateformes de Bioinformatique (ReNaBi) qu'il coordonne.
Daniel Jacob exposera les activités du CBiB dans le domaine de la Métabolomique. Il présentera Laurent Gil, récemment engagé en CDD, et Philippe Roux-Salembien, étudiant Master en alternance, tous deux affectés au projet.
Hélène Dumazet exposera les grandes lignes du projet ANR METAPROFILE dont le CBiB est partenaire et qui démarrera en janvier 2007.
Aurélien Barré nous parlera du role du CBiB dans le projet européen Evoltree et présentera Cyril Cabané, engagé en CDD sur le projet. |
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| 2006-10-26 | Julien Allali : Comparaison de structures secondaires d'ARN |
09:00-10:30 178 (LaBRI) |
L'ARN, acide ribonucléique, est un des composants fondamentaux de la cellule. La majorité des ARN sont constitués d'une séquence orientée de nucléotides notés A, C, G et U. Une telle séquence se replie dans l'espace en formant des liaisons entre les nucléotides deux à deux. La fonction des ARN au sein de la cellule est liée à la conformation spatiale qu'ils adoptent. Ainsi, il est essentiel de pouvoir comparer deux ARN au niveau de leur conformation, par exemple pour déterminer si deux ARN ont la même fonction.
On distingue trois niveaux dans la structure d'un ARN. La structure primaire correspond à la séquence de nucléotides, la structure secondaire est constituée de la liste des liaisons formées entre les nucléotides tandis que la structure tertiaire consiste en la description exacte de la forme tridimensionnelle de la molécule (coordonnées de chaque nucléotide).
Bien que la structure tertiaire soit celle qui décrit le mieux la forme spatiale de l'ARN, il est admis que deux ARN ayant une fonction moléculaire similaire ont une structure secondaire proche. C'est pourquoi il est important de disposer d'outils performant pour effectuer des comparaisons prenant en compte la structure secondaire.
Dans un premier temps nous présentons un modèle général appelé MiGaL permettant de représenter des données à différents niveaux de détails. Chaque niveau correspond à un graphe. Nous donnons un algorithme générique permettant la comparaison de deux structures MiGaL selon une approche niveaux par niveaux.
Dans un deuxième temps, nous montrons comment définir une nouvelle modélisation appelée RNA-MiGaL basée sur MiGaL et permettant de représenter la structure secondaire à différents niveaux de détails. En effet, une fois les liaisons nucléotidiques formées, on peut distinguer des éléments de structure secondaire telles que les hélices, les boucles multiples, les boucles terminales, les boucles internes et les renflements. Ainsi, RNA-MiGaL se compose de quatre niveaux, le plus haut niveau code pour le réseau de boucles multiples considéré comme le squelette de la molécule. Le dernier niveau quant à lui détaille les nucléotides.
Nous présentons l'algorithme de comparaison de deux RNA-MiGaL. Nous verrons entre autre comment optimiser l'algorithme d'édition utilisé dans la comparaison afin d'obtenir un algorithme très performant en pratique bien qu'exponentiel dans le pire des cas.
Nous finirons cet exposé sur différents exemples de comparaisons réalisés avec RNA-MiGaL ainsi que nos premiers résultats obtenus en classification de structures secondaires d'ARN. |
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| 2006-10-12 | Représentation géométrique multi-échelles de l'architecture des plantes |
09:30-10:30 LaBRI Salle 178 |
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| 2006-09-28 | Réunion de rentrée + exposé : titre à venir |
09:30-10:30 CBiB Bordeaux 2 |
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| 2006-02-02 | Détection et analyse, chez S. cerevisiae, des changements transcritionnels induits par un environnement pollué |
09:30-10:30 Bibliothèque 3ème étage Bordeaux 2 |
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Liste des événements répétitifs du groupe Bio-informatique
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