Sujet : Méthodes informatiques de prédiction et de comparaison de réseaux d'interactions protéine-protéine à partir de données de la génomique comparée

Responsable : David SHERMAN
Téléphone : +33 540 00 6922
e-mail : david.sherman@labri.fr
Equipe : MVTsi ; projet transversal AMBI (Algorithmes et Méthodes pour la Bio-informatique)

Présentation du sujet :

Les interactions protéine-protéine sont au coeur de la plupart des mécanismes cellulaires. Grâce aux données biologiques de génomique comparée, il est desormais possible de construire in silico des réseaux putatifs d'interaction, de les comparer et de les évaluer avec des outils informatiques. Ces comparaisons permettent de différencier les mécanismes essentiels et espèces-spécifiques, et constituent un premier pas vers une modélisation du comportement de la cellule. S'appuyant à la fois sur des partenaires biologistes et l'expertise du LaBRI en informatique théorique, ce projet propose d'établir des méthodes prédictives pour la construction de réseaux d'interaction, et d'élaborer des techniques pour leur comparaison. Cette approche sera dévélopée et validée à partir des données expérimentales des projets Génolevures et IntAct, dans lesquels participe l'équipe du LaBRI.

Mot-clés : Bio-informatique, génomique comparée, comparaison de réseaux, interactions protéine-protéine

Références :
IntAct: an open source molecular interaction database. Hermjakob H., Montecchi-Palazzi L., Lewington C., Mudali S., Kerrien S., Orchard S., Vingron M., Roechert B., Roepstorff P., Valencia A., Margalit H., Armstrong J., Bairoch A., Cesareni G., Sherman D., Apweiler R., Nucleic Acids Res., 2004, 32, D452-5

Génolevures: comparative genomics and molecular evolution of hemiascomycetous yeasts. Sherman D., Durrens P., Beyne E., Nikolski M., Souciet J.L.; Genolevures Consortium, Nucleic Acids Res., 2004, 32, D315-8

Common interchange standards for proteomics data: Public availability of tools and schema. Orchard S., Hermjakob H., Julian R.K. Jr, Runte K., Sherman D., Wojcik J., Zhu W. Apweiler R.
Proteomics, 2004, 4(2), 490-1

The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the
representation of protein interaction data
. Hermjakob H., Montecchi-Palazzi L., Bader G., Wojcik J., Salwinski L., Ceol A., Moore S., Orchard S., Sarkans U., von Mering C., Roechert B., Poux S., Jung E., Mersch H., Kersey P., Lappe M., Li Y., Zeng R., Rana D., Nikolski M., Husi H., Brun C, Shanker K., Grant S.G., Sander C., Bork P., Zhu W., Pandey A., Brazma A., Jacq B., Vidal M., Sherman D., Legrain P., Cesareni G., Xenarios I., Eisenberg D., Steipe B., Hogue C., Apweiler R. Nat Biotechnol., 2004, 22(2), 177-83.

Commentaires :
Ce sujet transversal est au coeur d'un ensemble de projets menés par des centres de recherche de la Région, dont le LaBRI, l'IBGC et le CBiB (Centre de Bio-informatique de Bordeaux, une plateforme RIO). Il demande à la fois des compétences en Biologie et en Informatique.