Evènement pour le groupe BioInformatique et Visualisation


Date 2012-11-08  11:00-12:00
TitreAssemblage du génome de l'agent de la peste noire. 
RésuméLa peste noire est une pandémie de peste bubonique qui a ravagé l'Europe au XIVème siècle. L'étiologie de cette pandémie a fait l'objet d'un vif débat, sans doute clos par le récent travail de Bos et al. (Nature 478, 506-510), qui ont séquencé le génome de l'agent de la peste noire, et ont montré qu'il s'agissait dune bactérie de la famille Yersinia pestis, ancêtre de plusieurs souches actuelles de Yersinia pestis. Ce travail de séquencage et assemblage d'un paléogénome a produit environ 2000 contigs de 500bp et plus, dont l'analyse suggère une forte conservation de séquence dans les souches descendantes de l'agent de la peste noire. Le travail que je vais présenter consiste à corriger et assembler ces contigs en un unique échafaudage (scaffold), ouvrant la porte à des analyses à une plus grande échelle, montrant par exemple un grand nombre de réarrangements génomiques. Les techniques utilisées des techniques de paléogénomique et de génomique évolutionaires, et tirent parti de la caractéristique unique de jeu de données, à savoir un génome partiellement assemblé mais dont on dispose de descendants. Travail en collaboration avec Ashok Rajara,man (Simon Fraser University) et Eric Tannier (INRIA-Lyon) 
Lieu178 
OrateurCédric Chauve 
Emailcedric.chauve@sfu.ca 
UrlSimon Fraser University (Vancouver, Canada) 



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