C’est avec un très grand plaisir que nous venons d’apprendre l’acceptation définitive (et la publication) d’un article dans Nature npj Systems Biology and Applications sur le travail de thèse de Maxime Mahout (je parle un peu plus de sa thèse et de la soutenance de thèse de Maxime ici).
Bravo à Maxime d’avoir réussi à publier ses travaux dans un journal de cette stature. J’ai suivi son travail depuis son master et l’idée développée dans cet article depuis le début (avec Sabine Pérès). Nous avons pu bénéficier du travail de modélisation des biologistes, rendant les mécanismes cellulaires accessibles par la logique (ou sous forme de graphes). Cela permet de raisonner sur les processus en jeu dans les cellules, considérées comme des usines à métabolites, produisant des protéines à partir de règles chimiques clairement définies. Une fois cette modélisation réalisée, de nombreux problèmes peuvent être formulés en termes logiques (par exemple, quel gène désactiver pour empêcher la cellule de produire une enzyme spécifique tout en conservant ses propriétés bénéfiques ?), ouvrant ainsi la voie à de nouvelles possibilités d’analyse.
Une illustration des bactéries P. aeruginosa et S. aureus, qui, lorsqu’elle collaborent, deviennent absolument redoutables à combattre
Dans ces travaux, l’idée est d’analyser un consortium de bactéries qui, lorsqu’elles sont ensembles, est quasi impossible à guérir (alors que seules c’est beaucoup plus simple). Nous avons ainsi proposer d’analyser le consortium dans l’ensemble pour identifier ce qui pouvait le rendre plus fort. Maxime propose même, dans ce travail, des pistes de traitement possibles.
Encore bravo à toute l’équipe !