Julien Allali

- Maître de Conférences
- Bordeaux INP
- Département
- M2F
- Équipe
- Décision et apprentissage : de la théorie aux applications robotiques
- Fonction administrative
- Responsable du Fablab EIRLAB de l'ENSEIRB-MATMECA
- Page personnelle
- http://www.labri.fr/perso/allali
- Adresse E-mail
- julien.allali
labri.fr
- Bureau
- 276
- Tel
- +33 (0)5 40 00 24 90
Recherche
Maitre de conférence au LaBRI depuis septembre 2006, je suis dans l'équipe MaBioVis, thème "analyses de structures biologiques". Mes thèmes de recherches sont l'algorithmique des séquences et des arbres (comparaison, alignement, indexation) appliquée à l'étude des ARN, de données génomiques (ADN) et de la musique.
Au cours de l'année 2009/2010, j'étais en délégation CNRS au PIMS/Simon Fraser University à Vancouver pour collaborer avec le professeur Cédric Chauve sur des méthodes efficaces pour la fouille de bases de données d'ARN à partir d'une structure requête.
Responsabilité pédagogique
Responsable des "Projets à Finalité Entreprise" du département informatique de l'ENSEIRB pour l'année 2008/2009, 20h Eq. TD
Responsable de l'UE programmation C++, 10h eq. TD, 2006-2009
Responsable de l'UE programmation système, 14h eq. TD, 2007-2009
Responsable de l'UE projet système et réseau,27h eq. TD , 2008-2009
Expertise
Évaluation d'articles pour les revues London Algorithmics 2008 : Theory and practice, TCBB (2006), TCS (2006) et les conférences STACS (2007), RECOMB (2007, 2008).
Extrait de publications
- Anne Lehmans, Estelle Blanquet, Fabrice Vandebrouck, Grégory Train, Anne Cordier, et al.. Rapport scientifique final du projet E-Fran PERSEVERONS. [Rapport de recherche] Université de Bordeaux. 2022.
- Aarón Ayllón-Benítez, Fleur Mougin, Julien Allali, Rodolphe Thiébaut, Patricia Thebault. A new method for evaluating the impacts of semantic similarity measures on the annotation of gene sets. PLoS ONE, 2018, 13 (11), pp.e0208037.
- Joris Sansen, Romain Bourqui, Patricia Thebault, Julien Allali, David Auber. Visualizing RNA Secondary Structure Base Pair Binding Probabilities using Nested Concave Hulls. 5th Symposium on Biological Data Visualization, Jul 2015, Dublin, Ireland.
- Laetitia Bourgeade, Cedric Chauve, Julien Allali. Chaining Sequence/Structure Seeds for Computing RNA Similarity. First Workshop on Computational Methods for Structural RNAs - CMRS'14, Sep 2014, Strasbourg, France.
- Julien Allali, Cedric Chauve, Pascal Ferraro, Anne-Laure Gaillard. Efficient chaining of seeds in ordered trees. Journal of Discrete Algorithms, 2012.
Valorisation
2006-2009: Algorithms for music analysis, Royal Society UK-France collaborative grant, Coordinateur local, 12 000 livres